잠자리는 3아목으로 분류된다.

  실잠자리아목(균시아목, Zygoptera)

앞,뒷날개가 같은 모양이며, 날개맥도 같고 날개 기부는 가늘며 정지할 때 배의 위쪽에 수직으로 세워서 좌우를 합친다.
겹눈은 양쪽에 있으며 머리 뒤쪽은 넓게 등면에 나타나 있다. 유충은 꼬리 끝에 3개의 잎조각 모양의 기관아가미를 가지고 있다.
물잠자리과, 실잠자리과, 청실잠자리과, 방울실잠자리과가 이에 속한다.

  잠자리아목(불균시아목, Anisoptera)

일반적으로 잘 알려져 있는 종류로서 앞,뒷날개의 모양과 날개맥이 서로 다르며, 뒷날개의 기부과 폭이 앞날개보다 넓다.
정지할 때는 날개를 양쪽으로 펴고 앉으며, 또 날개의 기부 가까이에 삼각실이 있다. 겹눈은 크고 등쪽에서 좌우가 접하거나 약간 떨어져 있다. 유충은 직장아가미로 호흡하며 항문은 보통 3개의 부속기로 가려져 있다. 가장 진화한 무리로 종수도 가장 많다.
왕잠자리과, 장수잠자리과, 측범잠자리과, 청동잠자리과, 잔산잠자리과, 잠자리과가 이에 속한다.

  옛잠자리아목(원균시아목, Anisozygoptera)

날개의 기부가 가늘고 날개맥은 균시아목에 가깝다. 유충의 형태는 불균시 아목형이다. 옛잠자리·옛왕잠자리 등이 이에 속한다.